Sau khi chiến thắng Sidon, nhà vua Artaxerxes III chuyển tầm nhìn sang xứ Ai Cập. Vào năm 343 trước Công Nguyên, Artaxerxes III thân hành xuất binh, với 33 vạn chiến binh người Á châu, còn có thêm 14 nghìn chiến binh người Hy Lạp được tuyển mộ từ các thành phố của người Hy Lạp tại Tiểu Á. Đó là 4 nghìn binh sĩ dưới quyền Mentor - những người lính mà Artaxerxes III đã mua chuộc được từ đội quân mà Tennes đã mang tới giúp Ai Cập, cùng với 3 nghìn binh lính do cư dân Argos cử đến và 1 nghìn binh lính nữa do cư dân Thebes phái đến. Ông chia quân thành ba đạo, và cứ mỗi đạo quân thì ông sai một võ tướng người Ba Tư và Hy Lạp chỉ huy. Các chỉ huy Hy Lạp là Lacrates của Thebes, Mentor của Rhodes, và Nicostratus của Argos và Ba tư là Rhossaces, Aristazanes, và Bagoas, các võ tướng xuất thân từ hoạn quan. Vận nước lâm nguy, Nectanebo II thống suất đội quân gồm 10 vạn chiến binh trong số đó có 2 vạn lính đánh thuê Hy Lạp để kháng trả. Nhờ có lực lượng thủy binh hùng mạnh, ông ta làm chủ vùng sông Nile và các nhánh khác nhau của nó.

Vua Ba Tư đại thắng, Nectanebo II liền chạy bán sống bán chết về thành Memphis, để lại các thị trấn tăng cường cho quốc phòng của đơn vị đồn trú của họ. Một đội quân hỗn hợp gồm một phần của Hy Lạp và một phần của Ai Cập, giữa những người ngờ vực và sự nghi ngờ đã được gieo trồng dễ dàng bởi các nhà lãnh đạo Ba Tư. Bằng cách này có nghĩa là người Ba Tư nhanh chóng chiếm lấy thành phố thứ hai của Hạ Ai Cập, Memphis. khi Nectanebo bỏ đất nước và bỏ chạy về phía nam tới Ethiopia[11] Quân đội Ba Tư hoàn toàn đánh bại người Ai Cập và chiếm đóng các vùng đồng bằng thấp của sông Nile. Sau khi Nectanebo trốn sang Ethiopia. Tất cả Ai Cập đầu hàng Artaxerxes và người Do Thái ở Ai Cập đã được gửi đến các bờ biển phía nam của biển Caspian, nơi người Do Thái của Phoenicia đã bị lưu đày và Babylon.

Sau chiến thắng này, Artaxerxes đã phá hủy bức tường thành phố, bắt đầu một triều đại của khủng bố, và cướp bóc tất cả các ngôi chùa. Ba Tư đã đạt được một số lượng đáng kể sự giàu có từ việc cướp bóc này. Ngoài việc cướp bóc ngay lập tức, Artaxerxes tăng thuế cao, và đã cố gắng để làm suy yếu Ai Cập đủ để nó có thể không bao giờ nổi dậy chống lại Ba Tư. Trong 10 năm mà Ba Tư kiểm soát Ai Cập, tôn giáo bị bức hại và sách thiêng liêng đã bị đánh cắp[12] Trước khi ông trở về Ba Tư., ông bổ nhiệm Pherendares làm phó vương của Ai Cập. Với sự cướp bóc Artaxerxes đã ban thưởng hậu hĩnh cho lũ lính đánh thuê của mình và sau đó trở về thủ đô của mình với những vinh quang của qua việc thực hiện thành công cuộc xâm lược Ai Cập.